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WGBS甲基化測序的應用

  • 分類:新聞中心
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  • 來源:
  • 發布時間:2022-04-12 09:41
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【概要描述】  WGBS被認為是甲基化測序的“金標準”。通過Bisulfite處理,將基因組中未甲基化的C堿轉換為U,根據PCR擴增改為T,與原來進行甲基化修飾的C堿區分開來,結合高通測定順序技術與參考序列進行比較,可以判斷CpG/CHG/CHH部位是否甲基化。特別適合繪制單堿基分辨率的全基因組DM。

WGBS甲基化測序的應用

【概要描述】  WGBS被認為是甲基化測序的“金標準”。通過Bisulfite處理,將基因組中未甲基化的C堿轉換為U,根據PCR擴增改為T,與原來進行甲基化修飾的C堿區分開來,結合高通測定順序技術與參考序列進行比較,可以判斷CpG/CHG/CHH部位是否甲基化。特別適合繪制單堿基分辨率的全基因組DM。

  • 分類:新聞中心
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  • 發布時間:2022-04-12 09:41
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  WGBS被認為是甲基化測序的“金標準”。通過Bisulfite處理,將基因組中未甲基化的C堿轉換為U,根據PCR擴增改為T,與原來進行甲基化修飾的C堿區分開來,結合高通測定順序技術與參考序列進行比較,可以判斷CpG/CHG/CHH部位是否甲基化。特別適合繪制單堿基分辨率的全基因組DM。

  應用

  利用全基因組甲基化測序繪制腫瘤微環境表觀特性譜。

  WGBS研究背景

  實體瘤的發生和發展過程包括腫瘤上皮細胞及其微環境之間的動態相互作用。目前,對腫瘤的大部分表觀基因組研究都集中在上皮腫瘤細胞上。對維持腫瘤表型的腫瘤微環境的分子特性研究較少。腫瘤相關纖維細胞(CAF)是由腫瘤微環境構成的主要細胞。CAF可以促進前列腺癌細胞的遷移和增殖。CAF的表觀基因組特征譜還不清楚。

  研究內容

  利用文章WGBS技術對腫瘤相關纖維細胞CAF和非惡性前列腺纖維細胞NPF進行甲基化,篩選兩者之間的差異甲基化區域DMR,并進行DMR注釋。結果表明,CAF的DMR富集發生在基因調控領域,通過與RNAseq的聯合分析,證明了這些DMR對基因的轉錄有調節作用。另外,CAF的DMR基因注釋結果顯示DMR積累成了與腫瘤相關的信號途徑。CAF中篩選的這些DMR可用于前列腺癌診斷。

  研究結果

  1.對4例前列腺癌組織分離CAF、4例癌旁組織分離非惡性前列腺癌纖維細胞NPF分別進行全基因組甲基化測序(WGBS),每個樣本的平均測序深度超過7x。結果表明,NPF和CAF具有比較相似的甲基化譜。

  2.比較NPF和CAF,兩組之間有7534個差異甲基化區域(DMR),其中CAF有更多的低甲基化區域(5038個)。

  3.統計表明,CAF中確認的DMR豐富地位于基因的調控區域,主要特征大多在CpG島地區之外。低甲基化DMR更多地位于子區域,更接近轉錄起點(TSS)。DMR在強化的子區域中豐富。

  4.基因注解DMR,DMR的30%濃縮到腫瘤相關信號通路。5.為了進一步研究調控區DMR的作用,利用RNAseq進行了基因表達水平檢測,結果顯示445個MDR與220個差異表達基因(DEG)顯著相關,其中162個向上表達DEG相關的是低甲基化DMR。此外,可以通過BSP和RT-PCR確認這種依賴關系。

  6.通過比較前列腺癌上皮細胞和TCGA數據庫中前列腺癌組織的甲基化數據,其中50個高甲基化DMR和15個低甲基化DMR可視為腫瘤特異性DMR,可用于前列腺癌診斷(AUC大于0.8)。


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