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WGBS都可以做什么分析

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  • 發布時間:2022-03-28 13:54
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【概要描述】  DNA甲基化是重要的表觀遺傳學標記信息,通常意義上的DNA甲基化是集中在整個基因組或特定地區C部位的甲基化水平數據,對表觀遺傳學的時空理性研究具有重要意義。WGBS是DNA甲基化研究的金標準,通過Bisulfite處理和全基因組DNA序列的結合,分析整個基因組的甲基化情況,可以用單堿基分辨率準確評估單個C。

WGBS都可以做什么分析

【概要描述】  DNA甲基化是重要的表觀遺傳學標記信息,通常意義上的DNA甲基化是集中在整個基因組或特定地區C部位的甲基化水平數據,對表觀遺傳學的時空理性研究具有重要意義。WGBS是DNA甲基化研究的金標準,通過Bisulfite處理和全基因組DNA序列的結合,分析整個基因組的甲基化情況,可以用單堿基分辨率準確評估單個C。

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  DNA甲基化是重要的表觀遺傳學標記信息,通常意義上的DNA甲基化是集中在整個基因組或特定地區C部位的甲基化水平數據,對表觀遺傳學的時空理性研究具有重要意義。WGBS是DNA甲基化研究的金標準,通過Bisulfite處理和全基因組DNA序列的結合,分析整個基因組的甲基化情況,可以用單堿基分辨率準確評估單個C。

  WGBS因為數據量大,可以分析很多項目,還包括其他組學科的關聯,所以可以讓對該數據的解釋倒退。讓我們看一下WGBS產品的特性。

  1.雙硫鐵礦實驗的嚴格質量控制

  亞硫酸鹽處理效率是WGBS數據可靠性的重要指標。Kidio的所有實驗樣品中都添加了用于質量控制的噬菌體LAMBA  DNA作為內參,可以準確評估每個樣品BS處理的效率,并在結算報告中顯示出來。心里可以知道自己項目數據的可靠性。

  2.提供樣本群集信息,整個樣本關系一目了然

  PCA、樹等的分析結果、多組樣本的群集關系、是否存在偏離樣本等一目了然。

  3.不同地區甲基化率統計

  我們將對以下不同類型基因組領域的平均甲基化率進行分類和統計。特定地區平均甲基化率的變化對特定研究具有特殊意義。例如,轉座子上下游甲基化變化規律對研究植物DNA甲基化變化規律的老師來說是非常有價值的分析點。

  4.不同類型的c甲基化差異

  DNA甲基化根據分館序列分為三種類型:CG、CHG和CHH的甲基化。三種甲基化修飾酶不同,潛在物種體內也有不同的調節機制。例如,動物體內主要對CG類型的甲基化修飾有調節作用。植物中CHH類型的甲基化修飾由于RNA介導的DNA甲基化修飾而發揮著更重要的作用。

  因此,在報告中,無論是網站還是地區差異甲基化分析,我們都會對CG、CHG、CHH進行統計,所以我們保證對它們對基因組的影響進行細致的分析。


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